员工自动离职后，用人单位应当采取以下措施处理：
用人单位应首先尝试联系员工，了解其离职原因，并尽量通过沟通解决问题。若员工因紧急情况未能及时通知，用人单位可酌情给予理解和支持。
若员工未按要求返岗，用人单位应向其事先确认的送达地址邮寄送达《催告函》，催告其返回公司正常上班。催告函中应明确告知逾期不返的后果。
若员工在催告期内仍未返回，用人单位可以根据公司规章制度的规定（如缺勤达到一定天数解除劳动合同）做出解除劳动合同的决定。在解除劳动合同前，若用人单位设有工会，应事先将解除理由通知工会。然后再向员工邮寄送达《解除劳动合同通知书》，并在特快专递详情单上注明所寄文件为《解除劳动合同通知书》。
用人单位需要与员工办理离职工作交接手续，包括工作内容的交接、公司财产的返还等。同时，用人单位还应与员工结清工资、经济补偿金等费用，并为员工出具解除劳动关系的证明。
用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。
用人单位应妥善保存解除劳动合同的通知书、催告函等相关文件，以备将来可能出现的争议。若通过邮寄方式送达，应保留邮寄回执或相关证明。
若员工擅自离职给用人单位造成经济损失，用人单位可以要求员工承担赔偿责任，并可通过法律途径追索损失。
对于违反公司规章制度的员工，用人单位应进行批评教育，并根据情况采取相应的处理措施，包括警告、记过、降职、解除劳动合同等。
用人单位应对员工的自动离职情况进行记录备案，以便未来查询和管理。
若员工离职后与用人单位发生争议，员工可以在离职后一年内申请劳动仲裁。用人单位应在收到仲裁申请后及时应对，并在法定期限内提供相关证据和材料。
通过以上措施，用人单位可以妥善处理员工自动离职的相关事宜，维护自身的合法权益。
