日本丢失护照后，应按照以下步骤办理：
尽快向当地警察局报案，说明护照丢失的情况，并获取警察出具的遗失证明书。
遗失证明书。
3×4cm的照片。
填写申请表（可在入国管理局官网下载或在入国管理局办事窗口领取）。
外国人登录证原件及复印件。
原票记载事项证明书（由所在地区役所出具，3个月内有效）。
近期正面免冠彩色半身护照照片2张（光面相纸，尺寸为30毫米x40毫米）。
详细写明丢失经过的书面报告。
携带上述材料前往中国驻日本大使馆或领事馆，申请挂失和补发新护照。
在申请过程中，可能需要按照大使馆的要求进行预约和面谈。
入国管理局会对申请进行审核，这个过程可能需要一定的时间，一般在几个工作日到几周不等。
审核通过后，会通知申请人前往入国管理局领取新的在留卡。
如果需要补办在留卡，按照入国管理局的要求准备相关材料，并前往入国管理局办理补办手续。
建议：
在整个过程中，保持与入国管理局和中国驻日大使馆的沟通，及时了解办理进度。
如果时间紧迫，可以先申请临时身份证明纸以应对短期内的需要。
确保护照补办完成后，及时更新其他相关证件和手续。
