在农田上种树的问题，根据相关政策法规，主要由以下两个部门负责：
1. 自然资源主管部门：负责土地资源的规划、管理和保护，包括耕地资源的合理利用和保护。
2. 农业农村主管部门：负责农业生产的指导、管理和监督，包括耕地种植用途的管控。
如果耕地上种树违反了相关法规，比如占用耕地进行非农业建设，相关部门可以责令其限期改正或治理，并可能处以罚款，要求移除树木并恢复耕地原状。
基本农田是耕地中的特殊地块，受到更严格的保护，任何改变其用途的行为，如种植树木，都是违法的。在这种情况下，除了自然资源主管部门和农业农村主管部门，可能还会涉及到林业部门，因为植树造林是林业部门的职责之一。
