公司出租商铺需要交纳的税种主要包括以下几种：
企业出租房屋取得的收入按"现代服务-租赁服务"缴纳增值税。
一般纳税人适用的税率为9%，小规模纳税人按5%的征收率计算缴纳增值税。
一般纳税人出租其2016年4月30日前取得的不动产，可以选择适用简易计税方法，按照5%的征收率计算应纳税额。
以房产租金收入为房产税的计税依据，税率为12%。
这些税费通常与增值税一起征收，分别是基于增值税额的一定比例来计算的。
城市维护建设税按纳税人所在市区及乡镇不同适用7%、5%两档税率。
教育费附加为3%，地方教育附加费为2%。
印花税按照租赁合同金额的千分之一（0.1%）计算缴纳。
企业从房屋出租中获得的收入需计入企业的应纳税所得额，并依法缴纳企业所得税。
如果商铺由个人出租，个人需要按照财产租赁所得缴纳个人所得税，税率通常为20%。
但对企事业单位、社会团体以及其他组织按市场价格向个人出租用于居住的住房，减按4%的税率征收房产税。
如果出租的房屋占用了城镇土地，可能需要缴纳城镇土地使用税，具体税率根据所在地规定。
需要注意的是，税率和具体的税收政策可能会有所变动，因此在计算和缴纳税费时，应及时咨询当地税务机关或专业税务顾问，以获取最新的税收信息和指导。此外，不同地区可能有不同的税收优惠政策，这也会影响最终的税费负担。
