三省六部制是中国古代封建社会一套组织严密的中央官制。三省指中书省、门下省、尚书省、六部指尚书省下属的吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部。每部各辖四司，共为二十四司。
三省六部是自西汉以后长期发展形成的制度。其中尚书省形成于东汉（时称尚书台）；中书省和门下省形成于三国时，目的在于分割和限制尚书省的权力。在发展过程中，组织形式和权力各有演变，至隋，才整齐划一为三省六部，主要掌管中央政令和政策的制定、审核与贯彻执行。
公元581年，隋文帝杨坚建立了隋朝，并最终统一中国。然而，版图的统一仅仅是再造统一的第一步。南北朝时期王朝的频繁更迭，给隋朝遗留了诸多问题，其中一个亟待解决的就是中央和地方官多官乱、机构多衙门多的混乱局面。
此前，出于战争的需要，为笼络将领、鼓励战士们，各国都设置了大量的官职和机构，以北周为例，有大丞相、小丞相、大行台、小行台，柱国、将军更是多如牛毛。此外，战争导致很多地区的占领归属不稳定，今天是南朝占领，明天可能被北朝占领，同一个县可能东边被北齐占领，西边被北周占领，都有各自不同的官职和称谓，导致同一个地区政出多门，用《隋书》中的描述，即“民少官多，十羊九牧”。这样的后果是，国家官僚制度混乱，各部门各机构各自为政，行政效率低，对中央集权极其不利。
为了改变这种混乱的局面，隋文帝对一系列国家制度做出了重大革新。在地方设州、县两级制，撤郡五百多个；在中央，完成从秦汉三公九卿制向隋唐三省六部制的转型，设立以“三省六部制”为主体的中央官僚体系。三省六部制作为一套组织严密的中央行政体制，成为后来中国历史上极为重要的政治制度之一。
由于隋朝存续的时间短，到唐代，三省六部制度才基本完善。
三省：中书省、门下省和尚书省。这三个省的级别相当，构成朝廷的中枢。中书省主管长官为中书令，门下省为侍中，尚书省为尚书令，三省首长同为宰相，共议国政。三省在国家政务决策和执行的过程中，互相配合、互相制衡。
中书省协助皇帝草拟诏令和决策，称为“定旨出命”。国家大事中，凡是需要皇帝下诏的，都由中书省来起草。皇帝的诏书，在唐代称为“敕”。通常情况是，接到拟敕任务后，中书舍人每人草拟一份，称为“五花判事”，中书令或中书侍郎从中选出最佳稿为底稿，修改补充后，成为正式诏书，然后再呈送皇帝画一“敕”字。但是，这样的诏书还并不能称之为政府合法命令，还要送到门下省审查复核。
门下省负责审“敕”。一旦他们认为诏书有问题，便可将诏书批注送还，称为“涂归”，意即将原诏书涂改后送还中书省重拟，也称为“封驳”“封还”“驳还”。也就是说，所有的诏书都要通过门下省的审核才可以正式生效。正式生效后的诏书最后传达到尚书省。
尚书省负责国家行政。这是一个执行机构，是国家最庞大的行政机构，将经过中书、门下二省的皇帝诏敕细化为具体实施的政令，颁发下去并监督执行。
三省分工明确，彼此配合，彼此制约。
而六部都归尚书省管辖。
吏部：负责全国官吏的任免、升降、考绩、赏罚、勋封等。
户部：负责全国土地、户口、赋税、钱粮、财政收支等。
礼部：负责礼仪、祭祀、科举、学校等。
兵部：负责武官选授及军事行政等。
刑部：负责全国司法行政及狱讼审判等。
工部：负责工程、营造、水利、屯田、工匠、交通等。
六部虽各司其职，互不相统属，但却常有交流。尚书省的办公地点称为“都堂”，两旁为左右两厢，左侧为吏部、户部、礼部，右侧为兵部、刑部、工部。各部主管上午在都堂集体办公，遇事易于洽商，下午各归本部分别办公。国家大事常常需要各部合作，例如突发洪灾，户部要负责拨粮拨款赈灾，工部则负责修堤筑坝等。
唐代中后期，随着形势的变化和统治方式的变更，政府机构多有变动，唐初以三省长官为宰相，但又择他官参加议政，号为参知机务、参议得失等，也是宰相。其后又有以同中书门下三品、同中书门下平章事为名的他官参政。唐中叶以后，同中书门下平章事才是真正的宰相。三省长官却先后被排斥出宰相行列，成为荣誉职，决定政策之权则被剥夺。尚书省各部司的职权，在安史之乱后也大部分为各种使职所瓜分。故唐中叶后，三省六部制名存实亡。
朝代不同，三省六部的职能也不一样，尤其到了宋代，职能更迭更是严重。宋承唐制，但北宋前期除刑部尚保留审覆天下大辟案的职权外，三省六部的主要职权都已转移至其他机构，其长官也都只作为寄禄官衔，另派升朝官分别主判，以处理残留细务，三省六部制仍是名存实亡。
金、元、明只设一省六部，一省，金为尚书省；元、明为中书省。明洪武十三年(1380)罢中书省，分中书省之权归于六部。自此，三省已经消失，只剩下六部。这也是今天相较于三省更熟悉六部的原因。
